El Colegio Bautista del Alto Paraná inicio sus actividades como Institución Educativa a principios del año 2000. En una Institución educativa  comprometida con los valores cristianos y con énfasis en el valor de la Vida y la Familia.

El matrimonio conformado por el Ing. Martin Nuñez Da Silveira y la Lic. Elsa María Van Caester, con profunda fe en el evangelio de nuestro Señor Jesucristo comprendieron que la educación de niños y adolescentes es el ámbito natural para fortalecer el desarrollo del carácter sustentado en las enseñanzas de la palabra de Dios. Fueron los que llevaron adelante el desarrollo del proyecto edilicio en su totalidad y posterior construcción de la infraestructura de lo  que hoy es el Colegio Bautista del Alto Paraná. Asimismo, conformaron la organización de un calificado plantel docente y administrativo para cumplir con la visión y misión de la Institución.   

En el año 2005 se obtiene del Ministerio de Educación y Cultura la habilitación para el Nivel Medio y en el año 2007 egresa la primera promoción de jóvenes con el titulo de Bachiller Científico con énfasis en Ciencias Básicas. El año 2019 tendremos la décima segunda promoción.

Podemos afirmar que Dios ha sido muy bondadoso con nuestra Institución, nos ha permitido generar un espacio donde enseñamos con excelencia académica y los estudiantes aprenden a ser competentes en lo académico, desarrollando sus actitudes y aptitudes que les permitan ser reflexivos con el adecuado criterio que les orienten a tomar decisiones que puedan impactar positivamente en sus vidas, su familia y su comunidad.